Sulle origini di Mattinata esistono teorie che indicano in Matinum una possibile città preesistita alla odierna “farfalla bianca”, abitata dalla Gens Matinates. Conferme scentifiche a queste teorie non sono però ancora state edite.

Anche il poeta Orazio la menziona in alcune poesie e la descrive come un “paesaggio aprico e fiorito”.

Una leggenda ci narra che proprio sulle sponde dell’antica Matinum sia naufragato il filosofo Archita. Storie narrate di padre in figlio raccontano di un villaggio di pescatori costruito a breve distanza dal mare, distrutto per cause naturali, forse un terremoto o più verosimilmente un maremoto tra il XI e XII secolo. I sopravvissuti si insediarono allora nella zona Apollo, più conosciuta oggi come Junno. Costruirono i primi “Pagliai” (con mura in pietra, copertura fatta di legno, frasche e sottili lastre di pietra; in seguito con tegole) dando il via all’attuale nucleo abitativo.

L’antico nome del paese era “Apeneste” (citato anche da Tolomeo), che in greco significa “luogo esposto ad est“.

Allo stato attuale sono oggetto di ricerca due siti archeologici ricadenti nel territorio mattinatese: l’area di Monte Saraceno e quella in località Agnuli. Il primo sito è sede di una importante necropoli del VI secolo a.C., nel secondo è stata portata alla luce una parte di villa rustica, ovvero un’azienda agricola di epoca romana risalente al I secolo a.C. Il sito di Monte Saraceno ha restituito una serie di reperti lapidei oggi catalogati ed in esposizione presso il locale Museo Civico, Storico ed Archeologico; gli stessi fanno parte di una mostra permanente dal titolo “Le pietre del Gargano“.

Dal sito di Agnuli, che ha confermato quanto antica fosse la coltura dell’ulivo e della vite nel territorio mattinatese, sono emerse strutture murarie definenti locali per la conservazione dell’olio, del vino, vasche di decantazione e quant’altro necessitava per la trasformazione e la conservazione dei prodotti agricoli.

Inizialmente frazione del comune di Monte Sant’ Angelo, Mattinata ottenne l’indipendenza il 4 Agosto 1955.